Il Centro per la Sclerosi Multipla dell'ospedale San Raffaele è stato costituito nel 1985 con lo scopo di compiere ricerche sulle cause della malattia, realizzare nuovi modelli assistenziali, mettere a punto e validare nuove terapie. Modello operativo del Centro è la medicina translazionale, cioè la messa a punto di nuove strategie terapeutiche e il loro rapido trasferimento dai modelli sperimentali animali alla clinica. Nel corso degli anni il Centro è divenuto un punto di riferimento nazionale e internazionale, con pubblicazione di centinaia di articoli sulle più prestigiose riviste scientifiche, promozione di convegni internazionali di altissimo livello sui vari aspetti della malattia, perno di numerose attività di ricerca attraverso una rete che lo collega con gli istituti di ricerca più prestigiosi, come il National Institute of Health di Bethesda, il National Hospital di Londra, la Cleveland MS Clinic, la Salpetrière di Parigi. Impossibile elencare tutte le ricerche effettuate nel corso degli anni. Una menzione meritano però sicuramente gli studi di risonanza magnetica, le ricerche neuroimmunologiche, gli studi neurofisiologici e i trials clinici.
La struttura assistenziale si avvale del Reparto di Ricovero per la diagnosi e cura (Unità clinica di Sclerosi Multipla), del Reparto di Recupero e Riabilitazione Funzionale, del Servizio di Day Hospital, del Servizio di Psicologia Clinica e dell'Ambulatorio. Al Centro vengono seguiti 3.000 pazienti affetti da Sclerosi Multipla, con circa 600 ricoveri e 4.000 visite ambulatoriali all'anno.

Il Reparto di Ricovero per la Diagnosi e la Cura (Unità Clinica di Sclerosi Multipla) dispone di 15 letti dedicati a pazienti che presentino problemi diagnostici e terapeutici. Sono ricoverati pazienti in fase di accertamento, quando viene posto il sospetto di malattia, in occasioni di esacerbazioni della malattia oppure ogni qualvolta la situazione clinica lo richieda. L'Unità clinica di Sclerosi Multipla è parte integrante del reparto di Neurologia ed usufruisce di tutti i servizi generali dell'Ospedale San Raffaele, in particolare dei presidi diagnostici elettivamente dedicati alla Sclerosi Multipla (esame immunochimico del liquor, risonanza magnetica nucleare, potenziali evocati, ecc...).

Il Reparto di Recupero e Riabilitazione Funzionale dispone di 20 letti per il ricovero di pazienti con problemi di disabilità, caratterizzati da deficit motori, sensoriali o dell'equilibrio. I pazienti dopo aver effettuato un inquadramento clinico/fisiatrico, sono sottoposti ad un intensivo ciclo di rieducazione motoria sotto la guida di un adeguato team di fisioterapisti, specializzati nella rieducazione neuromotoria, al fine di ottimalizzare il recupero funzionale e l'adattamento alle menomazioni. Per la riabilitazione è disponibile un'ampia palestra, corredata da apparecchiature modernissime, e una piscina per la terapia in acqua.

Il Servizio di Day Hospital consente il ricovero giornaliero di pazienti che devono essere sottoposti ad indagini strumentali o visite specialistiche non facilmente eseguibili ambulatorialmente per problemi inerenti alle condizioni fisiche del paziente. Si possono inoltre somministrare in modo controllato speciali terapie immunomodulanti o immunosoppressive per via endovenosa. Alcuni infermieri, che hanno maturato negli anni una specifica esperienza relativa ai problemi correlati alla Sclerosi Multipla, si alternano nella gestione dei pazienti. Sono effettuati in media 3 ricoveri giornalieri.

L'ambulatorio è aperto dal lunedì al venerdì per seguire, mediante visite periodiche, l'evolvere della malattia e valutare l'efficacia, o eventuali effetti collaterali, dei trattamenti terapeutico-rieducativi proposti ai pazienti. 13 neurologi afferenti al Centro svolgono attività ambulatoriale, in orari prestabiliti. In media sono effettuate circa 120 visite settimanali.

La segreteria è costituita da un team di esperti che si alternano nella gestione degli aspetti organizzativi e di segreteria del Centro. In particolare viene effettuato un servizio di segreteria telefonica, disponibile dal Lunedì al Venerdì dalle ore 9.00 alle ore 18.30, per fornire a chiunque informazioni sulla malattia, fissare appuntamenti per le visite neurologiche ed eventualmente mettere in contatto i pazienti con i diversi medici o le infermiere, al fine di risolvere specifici problemi intercorrenti, dispensare i trattamenti specifici. Il team di segreteria è inoltre impegnato nel coordinare tutti gli aspetti organizzativi, collaborando direttamente con i medici e le infermiere del Centro, nella gestione dei diversi protocolli terapeutici sperimentali.

Il Servizio di Psicologia Clinica si avvale di un gruppo di psicologi che seguono pazienti sia ricoverati sia ambulatoriali, fornendo valutazioni delle funzioni cognitive, approfondimento del profilo psicologico e di personalità, psicoterapia di appoggio, riabilitazione delle funzioni cognitive.

Il Centro Analisi dei Biosegnali, in collaborazione col Servizio di Neuroradiologia, raccoglie neurologi, neurofisiologi, biofisici, informatici e bioingegneri con l'intento di sviluppare nuove tecniche di analisi di risonanza magnetica e dei segnali bioelettrici per meglio comprendere le diverse fasi di sviluppo della malattia e i meccanismi patogenetici che le sottendono, in particolare quelli che provocano il danno irreversibile delle strutture cerebrali e midollari.

I Laboratori di Neuroimmunologia e di Neuropatologia sono impegnati in ricerche sulle cause, sulle modalità di sviluppo della malattia e sulle nuove strategie terapeutiche. In ambito clinico effettuano test neuroimmmunologici utili in fase diagnostica e nel monitoraggio dell'evoluzione della malattia e dell'efficacia degli interventi terapeutici.

L'Unità di Neuroepidemiologia oltre a essere impegnata in ricerche di storia naturale e di prognosi, promuove e coordina sperimentazioni farmacologiche, per vagliare nell'uomo l'efficacia e la sicurezza delle nuove terapie. Il Centro Sclerosi Multipla ha diretto alcune sperimentazioni cliniche internazionali sull'efficacia dell'Interferone Beta, del Glatiramer Acetato e del Mitoxantrone, contribuendo in modo sostanziale a dimostrare l'efficacia di questi trattamenti. Tra le ricerche attualmente in corso ricordiamo quelle sull'efficacia delle cellule staminali nei processi riparativi e quelle sulle terapie di combinazione.

All'interno del Centro Sclerosi Multipla, opera attivamente l'ACESM (Amici Centro Sclerosi Multipla), un'associazione senza scopo di lucro che si propone di sostenere e potenziare l'attività assistenziale e di ricerca  del centro.